員工上班遲到被扣工資不合法，但是因勞動者的原因造成公司損失可扣除工資，每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。有下列情況之一的，用人單位可以代扣勞動者工資：用人單位代扣代繳的個人所得稅；用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用；其他。

　　法律依據

　　《工資支付暫行規定》第十六條

　　因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。

　　克扣工資指企業無正當理由扣減員工應得工資（即在員工已提供正常勞動的前提下企業按勞動合同規定的標準應當支付給員工的全部勞動報酬）。

　　克扣工資不包括以下減發工資的情況：（1）國家的法律、法規中有明確規定的；（2）依法簽訂的勞動合同中有明確規定的；（3）用人單位依法制定并經職代會批準的廠規、廠紀中有明確規定的；（4）企業工資總額與經濟效益相聯系，經濟效益下浮時，工資必須下浮的（但支付給勞動者工資不得低于當地最低工資標準）；（5）因勞動者請事假等相應減發工資等。

　　根據勞動部《對〈工資支付暫行規定〉有關問題的補充規定》（勞部發[1995]226號），“克扣”系指用人單位無正當理由扣減勞動者應得工資（即在勞動者已提供正常勞動前提下用人單位按勞動合同規定的標準應當支付給勞動者的全部勞動報酬。

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